O circuito interpretado desenvolve-se a sul do edifício permitindo observar, numa pequena caminhada, os diferentes biótopos existentes nesta zona húmida, nomeadamente sapais, salinas e lagoas permanentes e temporárias. O percurso é linear, tem uma extensão de 6 km´s, com valência pedestre e btt.
O caminho separa os campos de sequeiro a norte (sobretudo alfarrobeiras e manchas esparsas de olival com centeio por subcoberto), da zona húmida, a sul, com os seus habitats de sapal, as salinas tradicionais e o esteiro largo que conduz a água da maré.
O Centro de Interpretação encontra-se enquadrado por pinhal e retamal, vegetação característica do litoral no sotavento algarvio. No Centro é possível ver exposições e obter informações ou publicações sobre a reserva. No interior do edifício existem bons locais de observação para os sapais.
Subindo à Casa Abrigo imediatamente a sul do Centro, abre-se o horizonte sobre o complexo de salinas, a foz do Guadiana, e o ambiente de salgados. Normalmente é possível observar elevado número de aves aquáticas, sobretudo no inverno ou nas épocas de migração, das quais se destacam o pernilongo (símbolo da reserva) o colhereiro, o flamingo, a cegonha-branca, o alfaiate, ou a andorinha-do-mar-anã. Os registos apontam para a ocorrência regular anual de cerca de 170 espécies de aves.
O caminho até à antiga casa da Guarda-fiscal, sobranceira ao rio que desenha a fronteira com Espanha, atravessa campos de pastagem de gado bovino e caprino e lagoas temporárias que se advinham entre os juncais e bunhais destes terrenos salobros. Junto à casa alcança-se a margem do rio; o estuário do Guadiana e o sapal de Castro Marim destacam-se enquanto locais de abrigo e reprodução para as aves aquáticas e para várias espécies de peixes, de moluscos e de crustáceos.
O percurso pode ser percorrido todo o ano, segundo a Associação Odiana.
